Nucleic Acids Research Journal-Cover-Design-Service (NEMO-TOC)

 Nucleic Acids Research

11 July 2022

Ein Transformations-Clustering-Algorithmus und seine Anwendung bei der Strukturprofilierung von Polyribosomen

Wenhong Jiang¹, Jonathan Wagner^2,3, Wenjing Du¹, Juergen Plitzko⁴, Wolfgang Baumeister², Florian Beck⁴ and Qiang Guo^1,5

10.1093/nar/gkac547

Verbesserungen bei der Probenvorbereitung für die Kryo-Elektronentomographie, bei der Elektronenmikroskopie-Instrumentierung und bei Bildverarbeitungsalgorithmen haben die Strukturanalyse von Makromolekülen in situ vorangebracht. Über solche Analysen einzelner Makromoleküle hinaus ist die Untersuchung ihrer Wechselwirkungen mit funktionell verwandten Nachbarn in überfüllten zellulären Lebensräumen, d. h. die „molekulare Soziologie“, von grundlegender Bedeutung in der Biologie. Hier präsentieren wir einen NEMO-TOC-Algorithmus (NEighboring Molecule TOpology Clustering). Wir haben diesen Algorithmus für die Erkennung und Profilierung von Polyribosomen optimiert, die sowohl eine konstitutive als auch regulatorische Rolle bei der Genexpression spielen. Unsere Ergebnisse deuten auf ein Modell hin, bei dem Polysome durch die Verbindung mehrerer nichtstochastischer Blöcke gebildet werden, bei dem die Übersetzung wahrscheinlich synchronisiert ist.