Genetics and Genomics Journal-Cover-Design-Service (GWAS)

Journal of Genetics and Genomics

3 February 2023

Genomische und transkriptomische Analysen ermöglichen die Identifizierung wichtiger Gene, die mit der subkutanen Fettablagerung bei Holstein-Kühen verbunden sind

Hailiang Zhang^a,1, Siyuan Mi^a,1, Luiz F. Brito^b, Lirong Hu^a, Lei Wang^a, Longgang Ma^a, Qing Xu^c, Gang Guo^d, Ying Yu^a,*, Yachun Wang^a,*

10.1016/j.jgg.2023.01.011

Das Hauptziel dieser Studie besteht darin, durch die Integration genomischer und transkriptomischer Datensätze wichtige Kandidatengene zu identifizieren, die die subkutane Fettablagerung bei Milchkühen mit hoher Leistung regulieren. Insgesamt 1654 genotypisierte Holstein-Kühe werden für die Durchführung einer genomweiten Assoziationsstudie (GWAS) verwendet, die darauf abzielt, Gene zu identifizieren, die mit der subkutanen Fettablagerung assoziiert sind. Anschließend werden gewichtete Gen-Coexpressions-Netzwerkanalysen (WGCNA) basierend auf RNA-Sequenzierungsdaten von 34 Kühen und Kuhleistungsabweichungen der subkutanen Fettablagerung durchgeführt. Schließlich werden differentiell exprimierte (DE) mRNA, lncRNA und differentiell alternative Spleißgene für 12 Holstein-Kühe mit extremen und unterschiedlichen Phänotypen für die subkutane Fettablagerung erhalten. Unter Berücksichtigung aller Erkenntnisse gelten die Gene NID2, STARD3, UFC1, DEDD, PPP1R1B und USP21 als die wichtigsten Kandidatengene, die die Merkmale der subkutanen Fettablagerung bei Holstein-Kühen beeinflussen.